Die Pfarrkirche von Alburg, die noch spätgotische Bauelemente aufweist, wurde im Jahre 777 in einer Schenkungsurkunde an das oberösterreichische Kloster Kremsmünster erstmals erwähnt.
Die „capella" war dem hl. Martin geweiht und wurde 1073 dem neu gegründetem Passauer Kloster St. Nikola übergeben.
Dabei wechselte das Patrozinium auf den Passauer Diözesanpatron St. Stephanus.
Jedes Jahr gedenkt die Pfarrgemeinde am 26. Dezember ihrem Patron St. Stephan mit einem feierlichem Gottesdienst.
Bereits 1411 war Alburg eine Pfarrei. Bis zur Säkularisation von 1803 pastorierten neben Weltpriestern auch Geistliche aus St. Nikola in Passau die im Bistum Regensburg gelegene Klosterpfarrei Alburg. Zu diesem Zeitpunkt besaß das Kloster hier noch sechs Güter.
Die ältesten Bauelemente, welche die Alburger Kirche heute noch aufweisen kann, ist der spätgotische Chor, das Turmunterteil, an dessen Fuß noch ein alter römischer Grabstein zu sehen ist, sowie der Karner (Beinhaus).
Der Turm wurde im Spätbarock erhöht und mit einer laternenbekrönten Kuppe, der jetzigen Zwiebelkuppe, versehen.
Die Alburger Pfarrkirche St. Stephan besitzt vier Glocken, welche bei ihrer Weihe mit Chrisam gesalbt und feierlich in den liturgischen Dienst genommen wurden.
Glocke Nr. 1 ist dem hl. Florian geweiht und wurde bereits 1861 gegossen.
Die drei anderen Glocken stammen aus dem Jahre 1950.
Glocke 2 ist dem hl. Michael geweiht, Glocke 3 dient als Messglocke und Nummer 4 ist die Marienglocke. Die alte Sterbeglocke befindet sich immer noch in der Turmzwiebel, wird aber nicht mehr geläutet.
1957 wurde das Kirchenschiff vergrößert und bietet 400 Sitzplätze für die Gläubigen.
Die Chorfenster stammen von 1950, die drei vorderen aus dem Jahr 1957.
Zwei barocke Gemälde schmücken die linke Chorwand, welche die Aufnahme des hl. Leonhard in den Himmel und das Bogener Gnadenbild darstellen.
Der hl. Johannes Nepomuk, der hl. Ignatius, der hl. Florian, der hl. Bischof Nikolaus und die hl. Notburga zieren die Seitenwände des Kirchenschiffes.
Bei der Innenrenovierung der Kirche wurde nach über drei Jahrzehnten, die alte elektronische Orgel durch eine Pfeifenorgel von Georg Jann ersetzt. Diese neue Orgel wurde am 19. November 1989 durch Bischof Manfred Müller eingeweiht und macht den Kirchenraum von St. Stepan vollkommen.
Im rückwärtigen Kirchenschiff sind zahlreiche Grabplatten und Gedenktafeln noch erhalten.