Schon in allerersten Aufzeichnungen aus dem Jahre 1436 wird Opperkofen als Kirchort erwähnt, so dass das heutige Gotteshaus mehrere Vorgängerkirchen hat.
Die Kirche dürfte von Anfang an der Schmerzhaften Mutter Gottes geweiht gewesen sein und war eine Wallfahrtskirche, zu der aus den umliegenden Pfarreien im Laufe des Jahres mehrere Bittgänge durchgeführt wurden. Bei einem Brand 1866 muss die Inneneinrichtung gerettet worden sein. Beim Wiederaufbau wurde die Kirche nach dem Grundriss der Altöttinger Gnadenkapelle erstellt.
Der Rokokoaltar mit vier gewundenen Säulen stammt aus dem Jahre 1721. Statt des Altarbildes steht im Mittelpunkt eine Pieta die etwa auf 1480 datiert wird. Die Pieta, wie auch die Tonfigur einer Heiligen mit drei Kindern (vermutlich die Hl. Sofia mit ihren drei Töchtern), stammt wohl aus den früheren Kirchen. Die Tonfigur stammt aus der gleichen Hand wie die Tonfiguren in Oberparkstetten und Kay und entstand 1470.
Weitere Figuren sind die Rosenkranzmadonna aus dem späten 16. Jahrhundert, die später stark überarbeitet wurde.
Der Hl. Sebastian entstand um 1760 und ist eine schöne Rokokoarbeit. Die Orgel wurde 1879 angeschafft. Sie wäre vermutlich nur nach einer aufwendigen Restaurierung wieder spielbereit. 1976/77 wurde die Kirche außen und innen renoviert und mit neuen Kirchenstühlen ausgestattet. Im Jahr 2002 wurde die Kirche erneut außen renoviert.
Jedes Jahr findet an einem Sonntag um den 20. Januar der Sebastiani-Bittgang von Feldkirchen nach Opperkofen statt. Dieser wurde bereits in einer Prozessionsordnung aus dem Jahre 1590 erwähnt.
In der Bittwoche vor Christi Himmelfahrt führt ebenfalls ein Bittgang nach Opperkofen.
In den Sommermonaten finden während der Woche (so wie auch in den Nebenkirchen in Gundhöring und Hirschkofen) regelmäßig Gottesdienste statt.